Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-16 Por tema Luis E 
Estimado Manuel,

muchas gracias por responder también.


Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis” que yo estaba 
siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el 
parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.


To calculate the total species richness for separate sites:

   Diversity.2 <-  diversityresult(dune, index=’richness’,
 method=’s’)


   Diversity.2
   summary(Diversity.2)
   Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=’richness’)
   Diversity.3


To compare the total number of species for various subsets of data:

   Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
 factor1=’Management’, index=’richness’ ,method=’all’)


Diversity.4

To calculate a sample-based species accumulation curve

   Accum.1 <- accumresult(dune, method=’exact’)
   Accum.1
   accumplot(Accum.1)
   Accum.2 <- accumresult(dune, method=’random’,


 permutations=1000)
   Accum.2


   accumplot(Accum.2)



Aqui esta la version aculizada del parametro method:

 Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates the 
diversity of the entire community (all sites pooled), "each site" calculates 
diversity for each site separetly, "mean" calculates the average diversity of 
the sites, "sd" calculates the standard deviation of the diversity of the 
sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity for the entire 
data frame.



El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola 
mailto:mspinol...@gmail.com>> escribió:

Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao", "boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)



El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:
Estimados,

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script 
esta correcto, pero no se porque me tira error.




> fase<-diversitycomp(biobsp, 
> y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = 
"richness",  :
  choose an accepted method, not method: s


Gracias a ambos por su ayuda.


Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>>>
 escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de 
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta 
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el 
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir 
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" 
te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas 
las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" 
donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo 
puede instalar

Aqui mando la salida:


> install.packages("data.table")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==
downloaded 2.9 MB

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path 
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing 
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
  installation of package 'da

Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-16 Por tema Luis E 
Estimado Manuel,

muchas gracias por responder también.


Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis” que yo estaba 
siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el 
parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.


To calculate the total species richness for separate sites:

   Diversity.2 <-  diversityresult(dune, index=’richness’,
 method=’s’)


   Diversity.2
   summary(Diversity.2)
   Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=’richness’)
   Diversity.3


To compare the total number of species for various subsets of data:

   Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
 factor1=’Management’, index=’richness’ ,method=’all’)


Diversity.4

To calculate a sample-based species accumulation curve

   Accum.1 <- accumresult(dune, method=’exact’)
   Accum.1
   accumplot(Accum.1)
   Accum.2 <- accumresult(dune, method=’random’,


 permutations=1000)
   Accum.2


   accumplot(Accum.2)



Aqui esta la version aculizada del parametro method:

 Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates the 
diversity of the entire community (all sites pooled), "each site" calculates 
diversity for each site separetly, "mean" calculates the average diversity of 
the sites, "sd" calculates the standard deviation of the diversity of the 
sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity for the entire 
data frame.



El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola 
mailto:mspinol...@gmail.com>> escribió:

Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao", "boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)



El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:
Estimados,

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script 
esta correcto, pero no se porque me tira error.




> fase<-diversitycomp(biobsp, 
> y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = 
"richness",  :
  choose an accepted method, not method: s


Gracias a ambos por su ayuda.


Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>>>
 escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de 
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta 
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el 
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir 
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" 
te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas 
las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" 
donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo 
puede instalar

Aqui mando la salida:


> install.packages("data.table")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==
downloaded 2.9 MB

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path 
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing 
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
  installation of package 'da

Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Manuel Spínola 
Hola Luis,

Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".

diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson", "inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness", "Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao", "boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd", "jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)



El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E  escribió:

> Estimados,
>
> Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta
> funcionando.
>
> Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El
> script esta correcto, pero no se porque me tira error.
>
>
>
>
> > fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",
> index="richness",method=“s")
> Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
> "richness",  :
>   choose an accepted method, not method: s
>
>
> Gracias a ambos por su ayuda.
>
>
> Saludos, Luis
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega  mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:
>
> Ya...
> El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería
> de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
> ¿Tienes instalado el Xcode?.
>
> Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
> aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
> paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
> "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de
> "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala
> e instálala...
>
> Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican
> todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador
> de "R" donde buscar los compiladores necesarios.
>
> Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
>
> 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E  luisesp...@hotmail.com>>:
> Gracias Carlos,
>
> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque
> no lo puede instalar
>
> Aqui mando la salida:
>
>
> > install.packages("data.table")
>
>   There is a binary version available but the source version is later:
>binary source needs_compilation
> data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE
>
> Do you want to install from sources the package which needs compilation?
> y/n: y
> installing the source package 'data.table'
>
> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/
> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
> ==
> downloaded 2.9 MB
>
> Durante la inicializaci'on - Warning messages:
> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
> 2: Setting LC_TIME failed, using "C"
> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
> * installing *source* package 'data.table' ...
> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> xcrun: error: invalid active developer path 
> (/Library/Developer/CommandLineTools),
> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
> ERROR: compilation failed for package 'data.table'
> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/
> Resources/library/data.table'
> Warning in install.packages :
>   installation of package 'data.table' had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn
> /T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
>
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega  mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:
>
> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
> "data.table"
> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E  luisesp...@hotmail.com>> escribió:
>
> Estimados,
>
> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio,
> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
> BiodiversityR.
>
> Alguien tiene alguna posible solución?
>
> Desde ya muchas gracias.
>
> Saludos, Luis
>
>
> > library(Rcmdr)
> Loading required package: RcmdrMisc
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   there is no package called 'data.table'
> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ___
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _

Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Luis E 


Carlos,

Creo que el problema esta en que biodiversityR que al alcalizare el parámetro 
“method “ cambio, ahora usa otros comando para calcular los indices 
estadísticos de diversidad: Method of calculating the diversity statistics: 
"pooled" calculates the diversity of the entire community (all sites pooled), 
"each site" calculates diversity for each site separetly, "mean" calculates the 
average diversity of the sites, "sd" calculates the standard deviation of the 
diversity of the sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity 
for the entire data frame.

Yo estaba siguiendo el libro "Tree diversity analysis”, el cual esta 
desactualizado.

Muchas gracias.

Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 14:54, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:

Hola,

El error te está diciendo que para el parámetro "method" lo que usas "s" no se 
acepta...
¿Qué dice la ayuda sobre los valores posibles del parámetro "method"?.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 15 de febrero de 2017, 18:52, Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:
Estimados,

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script 
esta correcto, pero no se porque me tira error.




> fase<-diversitycomp(biobsp, 
> y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = 
"richness",  :
  choose an accepted method, not method: s


Gracias a ambos por su ayuda.


Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de 
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta 
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el 
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir 
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" 
te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas 
las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" 
donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo 
puede instalar

Aqui mando la salida:


> install.packages("data.table")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==
downloaded 2.9 MB

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path 
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing 
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
  installation of package 'data.table' had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'



El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:

El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete 
"data.table"
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:

Estimados,

Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio, no 
puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.

Alguien tiene alguna posible solución?

Desde ya muchas gracias.

Saludos, Luis


> library(Rcmdr)
Loading required package: RcmdrMisc
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = 
vI[[j]]) :
  there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded

Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Carlos Ortega 
Hola,

El error te está diciendo que para el parámetro "method" lo que usas "s" no
se acepta...
¿Qué dice la ayuda sobre los valores posibles del parámetro "method"?.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 15 de febrero de 2017, 18:52, Luis E  escribió:

> Estimados,
>
> Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta
> funcionando.
>
> Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El
> script esta correcto, pero no se porque me tira error.
>
>
>
>
> > fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",
> index="richness",method=“s")
> Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
> "richness",  :
>   choose an accepted method, not method: s
>
>
> Gracias a ambos por su ayuda.
>
>
> Saludos, Luis
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega 
> escribió:
>
> Ya...
> El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería
> de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
> ¿Tienes instalado el Xcode?.
>
> Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
> aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
> paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
> "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de
> "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala
> e instálala...
>
> Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican
> todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador
> de "R" donde buscar los compiladores necesarios.
>
> Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
>
> 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E :
>
>> Gracias Carlos,
>>
>> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se
>> porque no lo puede instalar
>>
>> Aqui mando la salida:
>>
>>
>> > install.packages("data.table")
>>
>>   There is a binary version available but the source version is later:
>>binary source needs_compilation
>> data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE
>>
>> Do you want to install from sources the package which needs compilation?
>> y/n: y
>> installing the source package 'data.table'
>>
>> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/
>> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
>> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
>> ==
>> downloaded 2.9 MB
>>
>> Durante la inicializaci'on - Warning messages:
>> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
>> 2: Setting LC_TIME failed, using "C"
>> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
>> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
>> * installing *source* package 'data.table' ...
>> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
>> ** libs
>> xcrun: error: invalid active developer path 
>> (/Library/Developer/CommandLineTools),
>> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
>> ERROR: compilation failed for package 'data.table'
>> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/
>> library/data.table'
>> Warning in install.packages :
>>   installation of package 'data.table' had non-zero exit status
>>
>> The downloaded source packages are in
>> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn/T/
>> RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
>>
>>
>>
>> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega 
>> escribió:
>>
>> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
>> "data.table"
>> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
>>
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E 
>> escribió:
>>
>>>
>>> Estimados,
>>>
>>> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio,
>>> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
>>> BiodiversityR.
>>>
>>> Alguien tiene alguna posible solución?
>>>
>>> Desde ya muchas gracias.
>>>
>>> Saludos, Luis
>>>
>>>
>>> > library(Rcmdr)
>>> Loading required package: RcmdrMisc
>>> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()),
>>> versionCheck = vI[[j]]) :
>>>   there is no package called 'data.table'
>>> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>>>
>>> [[alternative HTML version deleted]]
>>>
>>> ___
>>> R-help-es mailing list
>>> R-help-es@r-project.org
>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>>
>>
>>
>>
>> --
>> Saludos,
>> Carlos Ortega
>> www.qualityexcellence.es
>>
>>
>>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

[[alternative HTML version deleted]]

___
R-help-es mailing list
R-help-es@r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Luis E 
Estimados,

Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.

Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script 
esta correcto, pero no se porque me tira error.




> fase<-diversitycomp(biobsp, 
> y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=“s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = 
"richness",  :
  choose an accepted method, not method: s


Gracias a ambos por su ayuda.


Saludos, Luis


El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:

Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de 
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta 
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el 
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir 
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" 
te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas 
las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" 
donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>>:
Gracias Carlos,

ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo 
puede instalar

Aqui mando la salida:


> install.packages("data.table")

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE

Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'

probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==
downloaded 2.9 MB

Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path 
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing 
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
  installation of package 'data.table' had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'



El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega 
mailto:c...@qualityexcellence.es>> escribió:

El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete 
"data.table"
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E 
mailto:luisesp...@hotmail.com>> escribió:

Estimados,

Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio, no 
puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.

Alguien tiene alguna posible solución?

Desde ya muchas gracias.

Saludos, Luis


> library(Rcmdr)
Loading required package: RcmdrMisc
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = 
vI[[j]]) :
  there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded

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Saludos,
Carlos Ortega
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Carlos Ortega
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Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Carlos Ortega 
Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería
de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.

Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de
"Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala
e instálala...

Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican
todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador
de "R" donde buscar los compiladores necesarios.

Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...

Saludos,
Carlos Ortega

2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E :

> Gracias Carlos,
>
> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque
> no lo puede instalar
>
> Aqui mando la salida:
>
>
> > install.packages("data.table")
>
>   There is a binary version available but the source version is later:
>binary source needs_compilation
> data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE
>
> Do you want to install from sources the package which needs compilation?
> y/n: y
> installing the source package 'data.table'
>
> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/
> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
> ==
> downloaded 2.9 MB
>
> Durante la inicializaci'on - Warning messages:
> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
> 2: Setting LC_TIME failed, using "C"
> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
> * installing *source* package 'data.table' ...
> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> xcrun: error: invalid active developer path 
> (/Library/Developer/CommandLineTools),
> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
> ERROR: compilation failed for package 'data.table'
> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/
> Resources/library/data.table'
> Warning in install.packages :
>   installation of package 'data.table' had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn
> /T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
>
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega 
> escribió:
>
> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
> "data.table"
> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E  escribió:
>
>>
>> Estimados,
>>
>> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio,
>> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
>> BiodiversityR.
>>
>> Alguien tiene alguna posible solución?
>>
>> Desde ya muchas gracias.
>>
>> Saludos, Luis
>>
>>
>> > library(Rcmdr)
>> Loading required package: RcmdrMisc
>> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()),
>> versionCheck = vI[[j]]) :
>>   there is no package called 'data.table'
>> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
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>> R-help-es mailing list
>> R-help-es@r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
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>
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Saludos,
Carlos Ortega
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Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema José Trujillo Carmona 

No soy de Mc, pero igual esto te ayuda.

http://tips.tutorialhorizon.com/2015/10/01/xcrun-error-invalid-active-developer-path-library-developer-commandline-tools-missing-xcrun/

Saludos.

El 15/02/17 a las 16:36, Luis E escribió:

Gracias Carlos,
ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo 
puede instalar
Aqui mando la salida:

install.packages("data.table")

   There is a binary version available but the source version is later:
binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4  TRUE
Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'
probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
==
downloaded 2.9 MB
Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path 
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: 
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing 
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
   installation of package 'data.table' had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxhgn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'


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Re: [R-es] paquete Rcmdr y BiodiversityR

2017-02-15 Por tema Carlos Ortega 
El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
"data.table"
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E  escribió:

>
> Estimados,
>
> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y  Rstudio,
> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
> BiodiversityR.
>
> Alguien tiene alguna posible solución?
>
> Desde ya muchas gracias.
>
> Saludos, Luis
>
>
> > library(Rcmdr)
> Loading required package: RcmdrMisc
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck
> = vI[[j]]) :
>   there is no package called 'data.table'
> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>
> [[alternative HTML version deleted]]
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