Hi Bruce, hi Srishti, I have exactly the same problem with several subjects rerunning recon-all and there was sufficient memory available. I also tried out the last command directly which resulted in the same error log.
mri_normalize -f /home/anna/FREESURFER/00_DATA_MABT1T2/02a_MABT1T2_cross_ edits_transfer/rreruncrosstest_cp17/22275_T1_fs_edit/tmp/control.dat -mprage -aseg aseg.presurf.mgz -mask brainmask.mgz norm.mgz brain.mgz Attached you can find the input file. Thank you and best, Anna 22275_T1_fs_edit.zip <https://drive.google.com/file/d/1e2KqrnJa56G7Nza9aROpXHM61tjPqnvH/view?usp=drive_web> > can you email us the input file and the full command line you ran? > On Thu, 5 > Apr 2018, srishti goel wrote: > > > So it gave this error: > > > > 3d normalization pass 1 of 2 > > > > white matter peak found at 110 > > > > HISTOalloc(-2147483648): could not allocate histogram > > > > Cannot allocate memory > > > > > > Best, > > Srishti > > Social/Clinical Research Specialist > > Child Imaging Research and Life Experiences Lab > > University of North Carolina at Chapel Hill > > email (W): [email protected] > > skype: srishti.goel12 > > > > > > On Thu, Apr 5, 2018 at 12:43 PM, Bruce Fischl < > [email protected]> wrote: > > let's see if it works. If it does, you should be able to run > > > > recon-all -s SUBJID -make all > > > > cheers > > Bruce > > > > > > On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > > > Should I re-run the recon-all after running the last command > from recon-all.cmd? > > > > Best, > > Srishti > > Social/Clinical Research Specialist > > Child Imaging Research and Life Experiences Lab > > University of North Carolina at Chapel Hill > > email (W): [email protected] > > skype: srishti.goel12 > > > > > > On Thu, Apr 5, 2018 at 12:31 PM, Bruce Fischl < > [email protected]> wrote: > > ? ? ? Hi Srishti > > > > ? ? ? if you look in the subject's scripts dir there should > be a file named "recon-all.cmd". Try > > rerunning the last > > ? ? ? command in it (probably from the mri dir) > > > > ? ? ? cheers > > ? ? ? Bruce > > ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > > > ? ? ? ? ? ? I am sorry, I am not sure what do you mean by > running the command line directly? > > ? ? ? ? ? ? I use the following command: > > > > ? ? ? ? ? ? sbatch --mem 2200 -t 6-00:00 --mail-type END > --mail-user [email protected] --wrap > > "export > > ? ? ? ? ? ? SUBJECTS_DIR=/proj/hng/sherida > nlab/freeSurfer/DukeYAS/Freesurfer_out/; recon-all -s 13166 > > ? ? ? ? ? ? -autorecon2-cp -autorecon3 -nowmsa" > > > > > > ? ? ? ? ? ? where sbatch..... until export is our local > server submission command and I run this > > command from the > > ? ? ? ? ? ? command line itself, not > > ? ? ? ? ? ? using any script. > > > > > > ? ? ? ? ? ? Best, > > ? ? ? ? ? ? Srishti > > ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist > > ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life Experiences Lab > > ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel Hill > > ? ? ? ? ? ? email (W): [email protected] > > ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 > > > > > > ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:24 PM, Bruce Fischl < > [email protected]> wrote: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? if you run the command that failed again > on the command line directly (that is, not > > in > > ? ? ? ? ? ? recon-all) does it fail > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? again? > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote: > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Bruce, > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The machine definitely hasn't run > out of memory. Here is the memory usage > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? from recon-all.log ? > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?total ? ? ? ? ? > ? ?used ? ? ? ?free ? ? ? ? ? ? ? ? ? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? shared ?buff/cache ? available > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Mem: ? ? ?263726968 ? ?34330048 ? > 152102696 ? ? ? 12944 ? ?77294224 ? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 191963372 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Swap: ? ? ? 2097148 ? ? ? ? ? 0 ? ? > ? ? ? ? 2097148 > > > > > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life > Experiences Lab > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at > Chapel Hill > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? email (W): [email protected] > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12 > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:16 PM, > Bruce Fischl <[email protected]> > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? wrote: > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Srishti > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? are you sure that your machine > didn't just run out of memory? > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The recon-all.log file > includes the amount of free (and total) > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? memory at the time the process > was started. > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cheers > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bruce > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?On Thu, 5 Apr 2018, srishti > goel wrote: > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi, > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? I have been trying to > edit structural brains and > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? very few times I would > get the following error while > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? running recon-all -s > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subjID > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? white matter peak found > at 110 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cannot allocate memory > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Upon looking at the > archive, there was only one > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? similar issue and it was > recommend to check mri_info > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as the brain mask might > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? have been corrupted. I > did that and here is the > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output: > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Volume information for > brainmask.mgz > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: MGH > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? dimensions: 256 x > 256 x 256 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? voxel sizes: > 1.000000, 1.000000, 1.000000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? type: UCHAR (0) > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? fov: 256.000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? dof: 0 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xstart: -128.0, > xend: 128.0 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ystart: -128.0, > yend: 128.0 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? zstart: -128.0, > zend: 128.0 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? TR: 0.00 > msec, TE: 0.00 msec, TI: 0.00 > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? msec, flip angle: 0.00 > degrees > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? nframes: 1 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? PhEncDir: UNKNOWN > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? FieldStrength: > 0.000000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras xform present > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xform info: x_r =? > -1.0000, y_r = ? 0.0000, z_r > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_r =? ? > -1.0000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_a = ? > 0.0000, y_a = ? 0.0000, z_a > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 1.0000, c_a =? ? > 37.5000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? : x_s = ? > 0.0000, y_s =? -1.0000, z_s > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000, c_s = ? ? > 4.7185 > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? talairach xfm > > ? ? ? ? ? ? :/pine/scr/s/r/srishtig/Duke_T > est/Freesurfer_out/11039/mri/transforms/talair > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ach.xfm > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Orientation ? : LIA > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Primary Slice Direction: > coronal > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel to ras transform: > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000 ? > 0.0000 ? 0.0000 ? 127.0000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? > 0.0000 ? 1.0000 ? -90.5000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000? > -1.0000 ? 0.0000 ? 132.7185 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 0.0000 ? > 0.0000 ? 0.0000 ? ? 1.0000 > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel-to-ras determinant > -1 > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras to voxel transform: > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -1.0000? > -0.0000? -0.0000 ? 127.0000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? > -0.0000? -1.0000 ? 132.7185 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000 ? > 1.0000? -0.0000? ? 90.5000 > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ? -0.0000? > -0.0000? -0.0000 ? ? 1.0000 > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Is there any other way > to resolve this issue than > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? reconstruction the brain > again and doing all the > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? edits all over again > hoping > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? that the?brain mask does > not get corrupted this > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? time? > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Appreciate any help with > this. > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best, > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ______________________________ > _________________ > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer mailing list > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? [email protected] > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? https://mail.nmr.mgh.harvard.e > du/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The information in this e-mail is > intended only for the person to whom > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? it is > > ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? addressed. 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