Hi Anna
no attachments :<
Srishti's issue stemmed from control points outside of the head. The
current (dev) version of mri_normalize detects and removes them. Can you
grab a new version of mri_normalize and see if it fixes your problem? Let
us know your hardware/software environment and we will get it to you
cheers
Bruce
On Fri, 6 Apr 2018, Anna Daniels wrote:
Hi Bruce, hi Srishti,
I have exactly the same problem with several subjects rerunning recon-all
and there was sufficient memory available. I also tried out the last command
directly which resulted in the same error log.
mri_normalize
-f/home/anna/FREESURFER/00_DATA_MABT1T2/02a_MABT1T2_cross_edits_transfer/rrer
uncrosstest_cp17/22275_T1_fs_edit/tmp/control.dat -mprage -aseg
aseg.presurf.mgz -mask brainmask.mgz norm.mgz brain.mgz
Attached you can find the input file.
Thank you and best,
Anna[icon_10_generic_list.png] 22275_T1_fs_edit.zip[IMAGE]
can you email us the input file and the full command line you
ran?
On Thu, 5
Apr 2018, srishti goel wrote:
> So it gave this error:
>
> 3d normalization pass 1 of 2
>
> white matter peak found at 110
>
> HISTOalloc(-2147483648): could not allocate histogram
>
> Cannot allocate memory
>
>
> Best,
> Srishti
> Social/Clinical Research Specialist
> Child Imaging Research and Life Experiences Lab
> University of North Carolina at Chapel Hill
> email (W): [email protected]
> skype: srishti.goel12
>
>
> On Thu, Apr 5, 2018 at 12:43 PM, Bruce Fischl
<[email protected]> wrote:
> let's see if it works. If it does, you should be able to
run
>
> recon-all -s SUBJID -make all
>
> cheers
> Bruce
>
>
> On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
> Should I re-run the recon-all after running the
last command from recon-all.cmd?
>
> Best,
> Srishti
> Social/Clinical Research Specialist
> Child Imaging Research and Life Experiences Lab
> University of North Carolina at Chapel Hill
> email (W): [email protected]
> skype: srishti.goel12
>
>
> On Thu, Apr 5, 2018 at 12:31 PM, Bruce Fischl
<[email protected]> wrote:
> ? ? ? Hi Srishti
>
> ? ? ? if you look in the subject's scripts dir
there should be a file named "recon-all.cmd". Try
> rerunning the last
> ? ? ? command in it (probably from the mri dir)
>
> ? ? ? cheers
> ? ? ? Bruce
> ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel wrote:
>
> ? ? ? ? ? ? I am sorry, I am not sure what do you
mean by running the command line directly?
> ? ? ? ? ? ? I use the following command:
>
> ? ? ? ? ? ? sbatch --mem 2200 -t 6-00:00
--mail-type END --mail-user [email protected] --wrap
> "export
> ? ? ? ? ? ?
SUBJECTS_DIR=/proj/hng/sheridanlab/freeSurfer/DukeYAS/Freesurfer_out/;
recon-all -s 13166
> ? ? ? ? ? ? -autorecon2-cp -autorecon3 -nowmsa"
>
>
> ? ? ? ? ? ? where sbatch..... until export is our
local server submission command and I run this
> command from the
> ? ? ? ? ? ? command line itself, not
> ? ? ? ? ? ? using any script.
>
>
> ? ? ? ? ? ? Best,
> ? ? ? ? ? ? Srishti
> ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research Specialist
> ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and Life
Experiences Lab
> ? ? ? ? ? ? University of North Carolina at Chapel
Hill
> ? ? ? ? ? ? email (W): [email protected]
> ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12
>
>
> ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at 12:24 PM, Bruce
Fischl <[email protected]> wrote:
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? if you run the command that
failed again on the command line directly (that is, not
> in
> ? ? ? ? ? ? recon-all) does it fail
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? again?
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, 5 Apr 2018, srishti goel
wrote:
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Bruce,
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The machine definitely
hasn't run out of memory. Here is the memory usage
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? from recon-all.log ?
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?total
? ? ? ? ? ? ?used ? ? ? ?free ? ? ? ? ? ? ? ? ?
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? shared ?buff/cache ?
available
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Mem: ? ? ?263726968 ?
?34330048 ? 152102696 ? ? ? 12944 ? ?77294224 ?
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 191963372
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Swap: ? ? ? 2097148 ? ? ?
? ? 0 ? ? ? ? ? ? 2097148
>
>
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best,
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Social/Clinical Research
Specialist
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Child Imaging Research and
Life Experiences Lab
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? University of North
Carolina at Chapel Hill
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? email (W):
[email protected]
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? skype: srishti.goel12
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? On Thu, Apr 5, 2018 at
12:16 PM, Bruce Fischl <[email protected]>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? wrote:
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi Srishti
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? are you sure that
your machine didn't just run out of memory?
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The recon-all.log
file includes the amount of free (and total)
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? memory at the time
the process was started.
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cheers
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Bruce
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?On Thu, 5 Apr 2018,
srishti goel wrote:
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Hi,
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? I have been
trying to edit structural brains and
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? very few times
I would get the following error while
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? running
recon-all -s
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? subjID
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? white matter
peak found at 110
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? cannot
allocate memory
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Upon looking
at the archive, there was only one
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? similar issue
and it was recommend to check mri_info
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? as the brain
mask might
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? have been
corrupted. I did that and here is the
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? output:
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Volume
information for brainmask.mgz
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
type: MGH
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
dimensions: 256 x 256 x 256
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? voxel
sizes: 1.000000, 1.000000, 1.000000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
type: UCHAR (0)
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ?
fov: 256.000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ?
dof: 0
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
xstart: -128.0, xend: 128.0
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
ystart: -128.0, yend: 128.0
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
zstart: -128.0, zend: 128.0
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
TR: 0.00 msec, TE: 0.00 msec, TI: 0.00
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? msec, flip
angle: 0.00 degrees
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ?
nframes: 1
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ?
PhEncDir: UNKNOWN
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ?
FieldStrength: 0.000000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras xform
present
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? xform
info: x_r =? -1.0000, y_r = ? 0.0000, z_r
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000,
c_r =? ? -1.0000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
: x_a = ? 0.0000, y_a = ? 0.0000, z_a
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 1.0000,
c_a =? ? 37.5000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
: x_s = ? 0.0000, y_s =? -1.0000, z_s
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = ? 0.0000,
c_s = ? ? 4.7185
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? talairach xfm
> ? ? ? ? ?
?:/pine/scr/s/r/srishtig/Duke_Test/Freesurfer_out/11039/mri/transforms/talai
r
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ach.xfm
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Orientation ?
: LIA
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Primary Slice
Direction: coronal
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel to ras
transform:
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?
-1.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? 127.0000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? 0.0000 ? 0.0000 ? 1.0000 ? -90.5000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? 0.0000? -1.0000 ? 0.0000 ? 132.7185
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
? 0.0000 ? 0.0000 ? 0.0000 ? ? 1.0000
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? voxel-to-ras
determinant -1
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ras to voxel
transform:
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?
-1.0000? -0.0000? -0.0000 ? 127.0000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?
-0.0000? -0.0000? -1.0000 ? 132.7185
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?
-0.0000 ? 1.0000? -0.0000? ? 90.5000
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?? ? ? ? ? ? ?
-0.0000? -0.0000? -0.0000 ? ? 1.0000
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Is there any
other way to resolve this issue than
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? reconstruction
the brain again and doing all the
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? edits all over
again hoping
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? that the?brain
mask does not get corrupted this
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? time?
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Appreciate any
help with this.
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Best,
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Srishti
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
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> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? Freesurfer mailing list
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
[email protected]
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?
https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer
>
>
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? The information in this
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> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? it is
> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? addressed. If you believe
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> ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? but does not contain
patient information, please contact the sender
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