External Email - Use Caution mri_binarize --i $SUBJECTS_DIR/mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --replaceonly 8204 --replaceonly 8205 --replaceonly 8206 --replaceonly 8217 --replaceonly 8218 --o $SUBJECTS_DIR/R-Intralaminar.mgz
ERROR: Option 8205 unknown mri_binarize --i $SUBJECTS_DIR/mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --replaceonly 8204 --replaceonly 8205 --replaceonly 8217 --replaceonly 8218 --o $SUBJECTS_DIR/R-Intralaminar.mgz ERROR: Option 8217 unknown > Il 14 maggio 2020 alle 17.39 "Douglas N. Greve" <dgr...@mgh.harvard.edu> ha > scritto: > > Just add more --replaceonly args > > On 5/14/2020 10:38 AM, std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > External Email - Use Caution > > > > Moreover, how can I merge, with mri_binarize, more thalamic regions? > > > > e.g. 8204 8205 8206 8217 8218 > > > > > > > > > Il 13 maggio 2020 alle 23.03 "Douglas N. Greve" > > <dgr...@mgh.harvard.edu> mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha scritto: > > > > > > It problably means that seg 8130 does not exist in the input > > > mgz. Can you confirm that it does? > > > > > > On 5/13/2020 12:51 PM, std...@virgilio.it > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > indeed. I would like to merge two regions and extract > > > > the fMRI time serie. if no difference is there, somewhat is wrong. the > > > > L-VP file contains the same information of ThalamicNuclei.v10.T1. > > > > > > > > thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 13 maggio 2020 alle 17.02 "Douglas N. > > > > Greve" <dgr...@mgh.harvard.edu> mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha > > > > scritto: > > > > > > > > > > That means there is no difference > > > > > > > > > > On 5/13/2020 10:47 AM, std...@virgilio.it > > > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > is the command line ok? > > > > > > > > > > > > by running > > > > > > > > > > > > mri_binarize --i ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > > > > > > --replace-only 8130 8133 --o L-VP.mgz > > > > > > > > > > > > mri_diff --po mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > > > > > > L-VP.mgz > > > > > > > > > > > > I obtain > > > > > > diffcount 0 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 12 maggio 2020 alle > > > > > > 0.53 std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > by running > > > > > > > mri_diff --po > > > > > > > mri/ThalamicNuclei.v10.T1.mgz L-VP.mgz > > > > > > > I obtain > > > > > > > diffcount 0 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 11 maggio 2020 > > > > > > > alle 19.18 "Douglas N. Greve" <dgr...@mgh.harvard.edu> > > > > > > > mailto:dgr...@mgh.harvard.edu ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > Try running this to see if > > > > > > > > there is a difference > > > > > > > > mri_diff --po > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz Left-Ventroposterior.mgz > > > > > > > > Sometimes it is not easy to see > > > > > > > > a difference that is just a few voxels > > > > > > > > > > > > > > > > On 5/11/2020 3:02 AM, > > > > > > > > std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - > > > > > > > > > Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > By visualizing the output > > > > > > > > > by freeview, I found that it was the same of > > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz. > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 11 maggio 2020 alle > > > > > > > > > 2.19 Bruce Fischl < fis...@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > mailto:fis...@nmr.mgh.harvard.edu > ha scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > can you elaborate? > > > > > > > > > > Why do you suspect there is an error? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > cheers > > > > > > > > > > Bruce > > > > > > > > > > On Mon, 11 May > > > > > > > > > > 2020, > > > > > > > > > > std...@virgilio.it mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Please, could > > > > > > > > > > > you check the command line. > > > > > > > > > > > I suspect > > > > > > > > > > > that an error is there. > > > > > > > > > > > Thanks. > > > > > > > > > > > Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > mri_binarize > > > > > > > > > > > --i ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --replace-only 8130 8133 > > > > > > > > > > > --o > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Left-Ventroposterior.mgz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Il 30 > > > > > > > > > > aprile 2020 alle 18.51 "Douglas N. Greve" > > > > > > > > > > > < > > > > > > > > > > > dgr...@mgh.harvard.edu mailto:dgr...@mgh.harvard.edu > ha > > > > > > > > > > > scritto: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > You can > > > > > > > > > > use mri_binarize --i ThalamicNuclei.v10.T1.mgz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > --replace-only segid segidreplace ... --o newseg.mgz > > > > > > > > > > > to create a > > > > > > > > > > > new segmentation with merged segments, then using > > > > > > > > > > > vol2subfield > > > > > > > > > > > with the newseg seg as --sf > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > On > > > > > > > > > > 4/29/2020 7:57 PM, std...@virgilio.it > > > > > > > > > > mailto:std...@virgilio.it wrote: > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > External Email - Use Caution > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Hi list, > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > vol2subfield --i fmcpr.nii.gz --reg register.dof6.lta --sf > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > ThalamicNuclei.v10.T1.mgz --stats stats.dat --avgwf > > > > > > > > > > > avgwf.dat > > > > > > > > > > > --avgwfvol avgwfvol.mgz --o f2subf.nii.gz > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > extracts > > > > > > > > > > the time course from each thalamic subregions. > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > If I > > > > > > > > > > would like to merge multiple regions (e.g. --id 8115 > > > > > > > > > > > --id 8116) > > > > > > > > > > > and extract a single time course from them, > > > > > > > > > > > which is the > > > > > > > > > > > way? > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Thanks > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Stefano > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > Freesurfer > > > > > > > > > > > mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > > Freesurfer > > > > > > > > > > > mailing list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > > > > > Freesurfer mailing > > > > > > > > > > list > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > mailto:Freesurfer@nmr.mgh.harvard.edu > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/mailman/listinfo/freesurfer > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > The information in this e-mail > > > > > > > > is intended only for the person to whom it is > > > > > > > > addressed. 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