Dolors, A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la librería libcurl.
Daniel Merino El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García < [email protected]> escribió: > Hola Dolors, > > el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en > Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). > > En la página del paquete ( > http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) > tienes la orden para instalarlo: > > source("http://bioconductor.org/biocLite.R";) > > biocLite("GEOquery") > > > Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en > CRAN: > > Biobase: > http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html > limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html > > En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero > cambiando el nombre al paquete correspondiente). > > Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de > compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la > versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena > compatibilidad con nuevos paquetes. > > Espero que te sirva, > > Un saludo > > Víctor Granda García > Ph.D. Student > Dpto. BOS, Universidad de Oviedo > > El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < > [email protected]> escribió: > > > Hola, buenas tardes, > > > > > > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con > > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. > > he utilizado el siguiente codigo: > > > > library(Biobase) > > library(GEOquery) > > library(limma) > > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE) > > > > Al hacerlo me da este error: > > > > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to > host" > > > > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y al > > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: > > > > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb > > > > utilizando la siguiente sintaxis: > > > > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") > > > > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que > > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando > > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de los > > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)" > > > > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 > bits). > > > > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas? > > > > Muchas gracias > > > > Dolors > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > [email protected] > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > -- Daniel [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
