Instalando los paquetes en el linux como dijo Victor ya logré cargar los datos.
De todas formas, actualizaré la versión de R. Muchas gracias a todos! 2014-10-10 23:25 GMT+02:00 Isidro Hidalgo Arellano <[email protected]>: > Dolors, ¿por qué no actualizas tu versión de R? Algún problema podría > venir de ahí. Te lo recomiendo... > Un saludo. > Isidro > > > > > El 10/10/2014, a las 16:12, dolors giralt casellas escribió: > > > > > > > > Muchas gracias! > > > > Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono. > > > > Dolors > > > > 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel : > > > > > > Dolors, > > > > > > A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el > > > paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la > > > librería libcurl. > > > > > > Daniel Merino > > > > > > El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García < > > > [email protected]> escribió: > > > > > > Hola Dolors, > > >> > > >> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en > > >> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). > > >> > > >> En la página del paquete ( > > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) > > >> tienes la orden para instalarlo: > > >> > > >> source("http://bioconductor.org/biocLite.R";) > > >> > biocLite("GEOquery") > > >> > > >> > > >> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no > en > > >> CRAN: > > >> > > >> Biobase: > > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html > > >> limma: > http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html > > >> > > >> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero > > >> cambiando el nombre al paquete correspondiente). > > >> > > >> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de > > >> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras > la > > >> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena > > >> compatibilidad con nuevos paquetes. > > >> > > >> Espero que te sirva, > > >> > > >> Un saludo > > >> > > >> Víctor Granda García > > >> Ph.D. Student > > >> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo > > >> > > >> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < > > >> [email protected]> escribió: > > >> > > >> > Hola, buenas tardes, > > >> > > > >> > > > >> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del > ncbi con > > >> > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. > > >> > he utilizado el siguiente codigo: > > >> > > > >> > library(Biobase) > > >> > library(GEOquery) > > >> > library(limma) > > >> > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE) > > >> > > > >> > Al hacerlo me da este error: > > >> > > > >> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to > > >> host" > > >> > > > >> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el > archivo y > > >> al > > >> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: > > >> > > > >> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb > > >> > > > >> > utilizando la siguiente sintaxis: > > >> > > > >> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") > > >> > > > >> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que > > >> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando > > >> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno > de > > >> los > > >> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)" > > >> > > > >> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 > > >> bits). > > >> > > > >> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas? > > >> > > > >> > Muchas gracias > > >> > > > >> > Dolors > > >> > > > >> > [[alternative HTML version deleted]] > > >> > > > >> > _______________________________________________ > > >> > R-help-es mailing list > > >> > [email protected] > > >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > >> > > > >> > > >> [[alternative HTML version deleted]] > > >> > > >> _______________________________________________ > > >> R-help-es mailing list > > >> [email protected] > > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > >> > > > > > > > > > > > > -- > > > Daniel > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > [email protected] > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
