Muchas gracias! Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono.
Dolors 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel <[email protected]>: > Dolors, > > A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el > paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la > librería libcurl. > > Daniel Merino > > El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García < > [email protected]> escribió: > > Hola Dolors, >> >> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en >> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). >> >> En la página del paquete ( >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) >> tienes la orden para instalarlo: >> >> source("http://bioconductor.org/biocLite.R";) >> > biocLite("GEOquery") >> >> >> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en >> CRAN: >> >> Biobase: >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html >> limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html >> >> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero >> cambiando el nombre al paquete correspondiente). >> >> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de >> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la >> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena >> compatibilidad con nuevos paquetes. >> >> Espero que te sirva, >> >> Un saludo >> >> Víctor Granda García >> Ph.D. Student >> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo >> >> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < >> [email protected]> escribió: >> >> > Hola, buenas tardes, >> > >> > >> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con >> > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. >> > he utilizado el siguiente codigo: >> > >> > library(Biobase) >> > library(GEOquery) >> > library(limma) >> > gset <- getGEO("GSE6536", GSEMatrix =TRUE) >> > >> > Al hacerlo me da este error: >> > >> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to >> host" >> > >> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y >> al >> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: >> > >> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb >> > >> > utilizando la siguiente sintaxis: >> > >> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") >> > >> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que >> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando >> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de >> los >> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)" >> > >> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 >> bits). >> > >> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas? >> > >> > Muchas gracias >> > >> > Dolors >> > >> > [[alternative HTML version deleted]] >> > >> > _______________________________________________ >> > R-help-es mailing list >> > [email protected] >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> [email protected] >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > > > -- > Daniel > [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
