Dolors, ¿por qué no actualizas tu versión de R? Algún problema podría venir de ahí. Te lo recomiendo... Un saludo. Isidro
> El 10/10/2014, a las 16:12, dolors giralt casellas escribió: > > > > Muchas gracias! > > Lo intentaré, a ver si con esto lo soluciono. > > Dolors > > 2014-10-10 16:11 GMT+02:00 daniel : > > > Dolors, > > > > A los dicho por Victor agregaría que te fijes si tienes instalado el > > paquete RCurl, tanto en Windows como en Linux, y si en Linux tienes la > > librería libcurl. > > > > Daniel Merino > > > > El 10 de octubre de 2014, 10:53, Víctor Granda García < > > [email protected]> escribió: > > > > Hola Dolors, > >> > >> el error en linux se debe a que el paquete GEOquery se encuentra en > >> Bioconductor y no en los repositorios normales de R (CRAN). > >> > >> En la página del paquete ( > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GEOquery.html) > >> tienes la orden para instalarlo: > >> > >> source("http://bioconductor.org/biocLite.R";) > >> > biocLite("GEOquery") > >> > >> > >> Con los otros dos paquetes pasa lo mismo, estan en BioConductor y no en > >> CRAN: > >> > >> Biobase: > >> http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Biobase.html > >> limma: http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html > >> > >> En esas páginas encontrarás como instalarlos (igual que GEOquery pero > >> cambiando el nombre al paquete correspondiente). > >> > >> Además, no se si trabajas con la versión de R 2.15.3 por un tema de > >> compatibilidades, pero si no es así, te recomendaría que actualizaras la > >> versión de R, ya que van por la 3.1.1 y así te aseguras una plena > >> compatibilidad con nuevos paquetes. > >> > >> Espero que te sirva, > >> > >> Un saludo > >> > >> Víctor Granda García > >> Ph.D. Student > >> Dpto. BOS, Universidad de Oviedo > >> > >> El 10 de octubre de 2014, 15:05, dolors giralt casellas < > >> [email protected]> escribió: > >> > >> > Hola, buenas tardes, > >> > > >> > > >> > Hace unos dias que intento cargar unos datos de microarrays del ncbi con > >> > versión de R 2.15.2 de 32 bits en windows xp. > >> > he utilizado el siguiente codigo: > >> > > >> > library(Biobase) > >> > library(GEOquery) > >> > library(limma) > >> > gset >> > > >> > Al hacerlo me da este error: > >> > > >> > "Error in function (type, msg, asError = TRUE) : couldn't connect to > >> host" > >> > > >> > Como no podía cargar los datos directamente, me descargué el archivo y > >> al > >> > intentarlo cargar desde el ordenador me sale otro error: > >> > > >> > Error: cannot allocate vector of size 173.2 Mb > >> > > >> > utilizando la siguiente sintaxis: > >> > > >> > u = getGEO(file="GSE6536_series_matrix.txt.gz") > >> > > >> > Tambien intenté probar en linux, pero al instalar los 3 paquetes que > >> > necesito (primera vez que utilizo R en linux), con el comando > >> > install.packages("GEOquery") me ha salido este error para cada uno de > >> los > >> > paquetes "package 'GEOquery' is not available (for version 2.15.3)" > >> > > >> > Estoy utilizando R 2.15.3 con la plataforma x86_64-pc-linux-gnu (64 > >> bits). > >> > > >> > Alguien me podría ayudar en alguno de estos problemas? > >> > > >> > Muchas gracias > >> > > >> > Dolors > >> > > >> > [[alternative HTML version deleted]] > >> > > >> > _______________________________________________ > >> > R-help-es mailing list > >> > [email protected] > >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> > > >> > >> [[alternative HTML version deleted]] > >> > >> _______________________________________________ > >> R-help-es mailing list > >> [email protected] > >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> > > > > > > > > -- > > Daniel > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > [email protected] > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list [email protected] https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
