志賀さま、鶴谷さま、たかのさま、中治さま、うちかわさま、いいじまさま

アドバイス、ありがとうございます。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | 志賀です。

  | が、あくまでも32bitバイナリなので
  | 
  | > そうなんですけど、大きなデータを扱うので、64bit環境が使いたいので、、、
  | 
  | この要求は満たせないと思います。

そうですね、64bitでmuleをコンパイルしないと無理ですね。

主な目的は、塩基配列の解析です。
ACGTと読めなかった部分のNの5つのキャラクターからなる
イネの染色体1本分の塩基配列のファイルがあるのですが、
http://rgp.dna.affrc.go.jp/IRGSP/Build4/build4.html
12本の染色体のファイルを1個にまとめると、
イネの一次情報すべてが1個のファイルに納まります。
この中から、互いに似た部分や、回文構造などの特殊な構造を
取り得る配列を抽出しています。

パズルみたいで、なかなか面白いですが、ディスクから読み出すと
時間がかかるので、プログラムを64bitでコンパイルして、
すべてをメモリ上で計算したいわけです。まだ、32bitでも
大丈夫なのですが、そのうち足りなくなりますので、
準備をしているところです。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | こんにちは、鶴谷です。
  | 
  | libXaw.so.7だけの問題ではない気もしますが...
  | 本当に何とかでっちあげて使いたいなら、依存するものすべてを用意しないと
  | いけないでしょうね。
  | 少なくとも、XFree86かXorgのライブラリ(例えばx11/xorg-librariesで
  | インストールされるもの)は、amd64のバイナリと区別するために、
  | 別のディレクトリを作ってコピーしないといけないと思います。
  | その上で、ldconfigで適切に指定してやれば、動くんじゃないかと思います。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | たかのです。こんにちは。
  | #firefox は 30 個以上のライブラリを必要とします・・。
  | 
  |   /usr/lib32 にベースシステムの 32bit ライブラリが用意はされてい
  | るのですが、ports/packages のライブラリが無いので 32bit 版をイン
  | ストールしようとしても PREFIX が /usr/local とか /usr/X11R6 で
  | 64bit 版とかぶるので、/usr/local32 とか /usr/X11R632 が欲しいと
  | か思ってしまいます。
  | 
  |   rc.conf 的には ldconfig_paths や ldconfig_local32_dirs があっ
  | たりもするので考えられているのだろうとは思うのですが、いかんせん
  | インストールしなければならない 32bit packages が多すぎるので非現
  | 実的だと思い断念ました。
  | 
  |   何か良い手は無いですかねぇ?

そうなんです。libXawを /usr/lib32 にコピーしても次々別のライブラリーが
無いと出て来て、あきらめました。良い仕組みがあるといいのですが。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | うちかわです
  | 
  | 昨日書いて出そうとしたのですがMLの設定が変更されている件に引っかかって
  | 出し直しです。遅くなってかえってよかったかも。
  | 
  | 私は概ね「あるがままに使う派」なので別の流儀で

わたしも、あるがまま mule をずっと使って来たのですが、ここに来て
使えなくなりそうなので、焦ったわけです。

.Xresoucesにペーストして、Xを再起動して(正確には、TightVNCを立ち上げ
なおして)、emacsを立ち上げると、shinonomeが無いと言って来て
立ち上がりません。shinonomeフォントは入っていますし、mozillaを立ち上げて
設定からfontを見るとshinonomeは確認できます。ただし、xfontselでは
見えません。fixedに書き換えようかと思っているところです。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | 
  | 今さら FreeBSD/amd64 で mule を使えるようにしようとしていることが問題
  | をややこしくしていると思います。:-)
  | 
  | FreeBSD/i386のmuleをFreeBSD/amd64で動かすための作業より、FreeBSD/amd64
  | でEmacs-21.4をインストールして使えるようにする方が手間は少ないと思いま
  | す。

そうですね。やっぱり、emacs でしょうね。

[EMAIL PROTECTED] wrote:
  | いいじまです。
  | 
  | Ports の中身をあさってみてもらえばわかりますが、すでに FreeBSD 4.x i386
  | の段階でも、mule はソースからのコンパイルは不可能になっています。
  | 
  | というのは、mule は crt0.op を使わずに独自のスタートアップルーチンを使う
  | ので、これが OS のバージョンアップによって変わると、その部分は最初から
  | 作り直さなければいけなくなるのです。
  | 
  | 私自身も mule を愛用していますが、最近は Emacs 21 を使うことも多くなりました。

muleをコンパイルできるようにするのは大変そうですね。
どうも、emacsに移行するしかないかなと思いはじめました。

# いいじまさんのページ、参考にさせていただいています。ありがとうございます。

--
宮尾安藝雄 博士(農学)
独立行政法人 農業生物資源研究所
分子遺伝研究グループ 遺伝子機能研究チーム
イネゲノムリソースセンター 併任
〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
TEL 029-838-7020  FAX 029-838-7020
mailto:[EMAIL PROTECTED]
居場所 http://tos.nias.affrc.go.jp/cgi-bin/renraku.cgi?id=miyao




メールによる返信