> たぶん /rescue 下のハードリンクが全部展開されてしまってるんだと思います。
> (3.4MBのファイルが130個ぐらいなんで、だいたい増加分とあってる)
>
> ハードリンクを維持したままコピーする必要ありです。
> rsyncの-Hオプション使ってコピーしてみたらどうでしょう?

-Hも駄目ですね。

cd9660はハードリンクでもinode番号が変わってしまうため、ハードリンクを保存して戻せないみたいです。
http://buxus.s31.xrea.com:8080/pukiwiki/pukiwiki.php?[[hardlink]]

とりあえず/rescue無しでやってみるか、適当なスクリプトでハードリンクを復活させるしかないですね。

-- 
Sumikawa

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