次の二つは区別して意識しないと不幸な事態に陥る恐れが大です。
- メジャーバージョンを跨ぐアップグレード (比較的変化が大き い)
- マイナーバージョンのアップグレード (比較的変化が小さい)

今回なさりたいのは 4.x から 5.x への
メジャーバージョン間のアップグレードですね。

メジャーバージョン間のアップグレードは
/usr/src/UPDATING の指示に従って慎重に取り組むべきです。
特に 4.x から 5.x のように変化の大きい場合は要注意で す。

 1.cvsupによるソースの同期【完了】
 2./usr/src内でmake buildkernel【完了】
 3./usr/src内でmake installkernel【エラー発生】

宮楠さんが試みたこの手順は、細かい手作業を必要としない
マイナーバージョン間のアップグレード手順ですね。
そのために、必要な手順を抜かしてしまっています。
エラーで止まったのは幸いでしたね。

個人的な経験に基づく感想ですが、
4.x から 5.x への移行は手間がかかるので、
新規インストールできるならば、その方が楽だと思います。
5.x から 6.x はすんなり行くんですけどね。

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